Danke, Ipsi - mir war zwar sowohl die Etymologie als auch die Doppeldeutigkeit bekannt, aber der verbindende Gedankengang deines letzten Absatzes hat mir immer gefehlt.
Etwas aufgelöst wird die Doppeldeutigkeit durch die verschiedenen Bezugsobjekte:
Im negativen Sinne (bestrafen) sanktioniert man einen Akteur - ein Land, eine Person etc.
Im positiven Sinne (gutheißen) sanktioniert man eine Aktion - ein Verhalten, eine Handlung, eine Meinung.
(Stimmt vielleicht nicht immer, aber meistens.)
Trotzdem (und auch wegen der Klammer) erscheint mir die Doppeldeutigkeit als gefährlich genug, dass ich beide Varianten des Wortes in den meisten Kontexten vermeiden würde. Lieber für die negative Version, je nach Formalitätsgrad, "bestrafen" oder "Sanktionen verhängen", und für die positive Variante eine je nach Kontext passende, da leicht anders konnotierte, Variante wie "gutheißen", "billigen", "unterstützen".
Nebenbei vermute ich, dass die positive Version von der Mehrheit gar nicht verstanden wird, Wiktionary nennt sie hübsch "bildungssprachlich". Ein Grund mehr für Synonyme.