Zerlegen wir das Problem mal:
1. Woher kommen die Elemente in protoplanetarischen Scheiben?
2. Wie verteilen sich die Elemente darin auf die Planeten?
3. Wie verteilen sich die Elemente in den Planeten?
4. Können einem Planeten später größere Mengen bestimmter Elemente entzogen werden?
1. Hierzu zitiere ich ersteinmal eine unserer liebsten Astro-2-Klausurfragen:
Woher kommt das Eisen in Ihrem Fahrrad?
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Aus dem Urknall.Aus massiven Sternen und Supernovae.Aus dem Spinat.Ich habe gar kein Fahrrad.
Korrekt ist Nr. 2, eventuell auch 4. Nach dem Urknall gab es nur massig Wasserstof, einiges Helium, geringe Spuren Lithium und Beryllium. In Sternen entstehen dann schwerere Elemente bis rauf zu Eisen, alles darüber verbraucht bei der Fusion Energie, statt sie zu erzeugen, und kommt dabei nur noch in Supernova-Explosionen zustande. Fast alles Material, aus dem unsere Erde bestand, stammt also aus Sternen, die vor der Entstehung der Sonne und Planeten schon explodierten, und das sich daraufhin im interstellaren Medium, aus dem später die Sonne entstand, verteilten und anreichern.
Die erste Antwort lautet also: Planeten, die mit ihrem Stern aus weitgehend unangereichertem Medium entstehen, haben eine völlig andere Zusammensetzung als die Erde, ebenso eventuell Planeten, die heutzutage aus noch stärker angereichertem Medium entstehen. Die Frage ist dann nur, inwiefern sie "erdähnlich" sein können; aus rein unprozessiertem Gas heraus können sich z.B. offensichtlich nur reine Gasplaneten bilden, und selbst für die braucht es vermutlich meistens einen festen Saatkern. Da sich der Ablauf der Supernovae in der kosmischen Evolution zudem auch ändert (wenn die Sterne selbst von Anfang an unterschiedliche Zusammensetzungen hat), ist auf jeden Fall davon auszugehen, dass die relativen Anteile von Silizium, Eisen, Uran etc. in im weiteren Sinne "erdähnlichen" Gesteinsplaneten stark variieren.
2. Die Bildung eines Planetensystems ist bis heute nicht sehr gut verstanden, vor allem, weil man bisher nur eine wirklich gut erforschte Stichprobe hat - was sich aber in den nächsten Jahrzehnten deutlich ändern wird. Beste Hypothese ist, dass sich Staubteilchen zu "Planetesimalen" sammeln, die dann je nach Zufall und Abstand zur Sonne mehr oder weniger Material einsammeln. Wie genau sich dabei die Segregation in Gesteins- und Gasplaneten abspielt, ist aber kompliziert bis unverstanden. Also wäre z.B. eine Mittelklasse, die von Silizium und Leichtmetallen dominiert wird, aber wenige Schwermetalle enthält, meines Wissens nach nicht ausgeschlossen, auch bei sonnenähnlicher Gesamtzusammensetzung des Entstehungsgebietes.
3. Von der Elemente(um)verteilung im Planeteninneren habe ich gar keine Ahnung, das wäre vielleicht etwas für Noriko, der Geophysik gemacht hat. Hier könnte ich mir gut vorstellen, dass das Eintreten oder Ausbleiben kataklysmischer Ereignisse wie des Zusammenstoßes, der vermutlich den Mond produziert hat, zu einer Veränderung des Absinkanteils schwerer Elemente in den Kern führt. Ebenso der Abstand zur Sonne, die Größe des Planeten und andere Parameter, die seine Abkühlzeitskala beeinflussen. Auf die Atmosphäre bezogen gab es im Spektrum der Wissenschaft im Januar einen Artikel zum Gasverlust in den Weltraum, der die Anteile der verschiedenen Gaselemente auf ähnliche Einflussgrößen zurückführt. Das Vorhandensein von Edelgasen, Wasserstoff etc. ist also auf jeden Fall sehr variabel, man vergleiche z.B. Venus und Erde, gesteinsmäßig sehr vergleichbar, atmosphärisch massiv verschieden.
4. Hm, habe ich eigentlich bei 3. mitbeantwortet. Allmählicher Elementverlust kann durch selektiven Gasverlust stattfinden, aber nur für die in der Atmosphäre gelösten Elemente. Schweres Krusten- oder Kernmaterial wird man nur durch massive Einschläge los, und die müssen dazu so großskalig sein, dass dabei die Masse und Verteilung der Einzelatome weitgehend irrelevant wird und somit die Verteilung in der Restmasse unverändert bleiben sollte.
Bei all dem gilt aber: das sind alles nur anteilsmäßige Veränderung. Grundsätzlich ist davon auszugehen, dass in jedem Planeten (außer in denen aus unprozessiertem Gas) jedes stabile Element zumindest in einer gewissen Menge vorhanden ist, denn die Fusions- und Zerfallsketten in und nach Sternen sind ziemlich gut durchmischt. Auf jeden Fall aber könnten einzelne Elemente so stark unterdrückt oder übervertreten sein, dass die Geo- und Biologie des Planeten sich massiv von unserer unterscheidet und auch eine eventuell trotzdem zustandekommende technische Zivilisation einiges anders machen müsste als wir. An elektrischen Leitern beispielsweise gibt es aber mehr als genug Auswahl, kein Planet mit Kruste sollte daran scheitern.
Das erste Element, von dem es kein stabiles Isotop gibt, ist übrigens Technetium mit der Ordnungszahl 43. Aber selbst davon kommen kleine Mengen in der Erde vor, weil es immer wieder als Zwischenprodukt von Uranzerfällen entsteht und somit im statistischen Mittel immer jedem Uranerz ein bisschen davon beigemengt ist. Ähnliches gilt für alle instabilen Elemente, die aber in der Zerfallskette eines stabilen oder metastabilen (Halbwertszeit vergleichbar mit dem Alter der Erde) Isotops vorkommen. Sogesehen gibt es also wirklich keine Lücken, sondern nur ein Ende jenseits von Uran bzw. Plutonium.
Die Atmosphäre wird man wie oben angedeutet sehr leicht los, etwa durch große Zusammenstöße oder einfach zu geringe Schwerkraft. Deine Anti-Leichtmetallkonstruktion mit dem Magnetfeld ist dagegen sehr unglaubwürdig, der einzige Mechanismus, mit dem man Leichtmetalle loswürde, Schwermetalle aber behält, wäre eine systemweite Massensegregation während der Planetenentstehung. Das klingt auch nicht sehr glaubwürdig, wäre ganz vielleicht aber vorstellbar, durch lustige Magnetfelder oder seltsame Migrations- und Resonanz-Geschichten.
PS @ Maglor: Beryllium leidet darunter, sich sehr gerne weiterzuverfusionieren. Wenn ein Stern Beryllium schafft, dann schafft er es stets auch weiter, wird also das allermeiste Beryllium direkt weiterverheizen, sobald er es hat. Unter dem gleichen Problem leidet Deuterium (Wasserstoff mit Bonusneutron), das in Sternen fast vollständig in Helium weiterverarbeitet wird, weshalb der Gesamtgehalt des Universums an Deuterium stetig sinkt. Das liegt alles am genauen Verlauf der Bindungsenergiekurve mit steigender Massenzahl - manche Isotope sind besonders stark gebunden und bilden sich daher besonders gerne, andere sind gerade nur so stabil und wenn man genug Energie hat, die zu bilden, kommt man auch fast schon bis zum nächsten. Übrigens auch die Erklärung für den Systemwechsel an den Helium- und Eisengrenzen.