Ich habe tatsächlich seit langer Zeit mal wieder die Ehre, auf ein OT hinzuweisen, bevor Maurice dies selbst tut.

Die Kant-Diskussion passt nicht mehr sonderlich hierhin, wenn noch Fortführungsbedarf besteht, kann ich sie auslagern.
@LadysSlave: Wie Maurice schon sagte, die zugegeben als sehr stark interpretierbaren Unterschiede zwischen Pflanzen und Tieren (aber wzg meinst du mit "der Unterschiedlichkeit in der Atomstruktur"?) sind noch lange nicht fundamental genug, um ins Gebiet der Ontologie zu fallen.
Nun also das versprochene Eingehen auf die Threadanfänge:
@Maurice:
Ich fände es auch praktisch, mit nur einer ontologischen Kategorie (etwa Materie oder Energie) auskommen zu können. Aber wenn zwei Objekte interagieren, erscheint es mir nicht nachvollziehbar, diese Interaktion als Phänomen einzelner Eigenschaften der beiden einzelnen Objekte zu interpretieren, sondern ich muss annehmen, dass die Interaktion eine Entität an sich ist, wenn auch auf einer leider recht obskuren ontologischen Ebene.
Wobei ich hier eine Hierarchie der verschiedenen Ebenen ansetzen würde: Materie/Energie und evtl. Raumzeit als primäre Kategorie(n), Interaktionen, Eigenschaften etc. als nur in Abhängigkeit von diesen existierend und somit abgeleiteten Status habend. Mathematisches Beispiel (Metafrage: Bringt es eigentlich etwas, wenn ich die regelmäßig bringe? Sie bieten sich für mich wegen ihrer Klarheit an, aber ich bin mir nicht sicher, wie einleuchtend sie für Mathematikferne sind.): Betrachte 2+3. Die Addition (eine Interaktion) ist keine Eigenschaft der 2 oder der 3, aber sie ist definiert auf der Zahlenmenge und somit von dieser abhängig.
Was die Emergenz angeht, so ist die Geschichte auch nicht unproblematisch, weil der Begriff "Emergenz" (soweit ich gehört habe) auch ein umstrittenes Thema ist. Aber auch das ist einen eigenen Thread wert.
Das würde mich interessieren.
Nun ganz zurück zur Ausgangslage. Eigentlich muss man ersteinmal die Gegenfrage stellen: gibt es irgendein Prinzip, das nahelegt, dass Entitäten verschiedener ontologischer Ebenen
nicht miteinander interagieren können? Sicher, in gewisser Art ein Totschlagargument, aber an sich sehe ich, solange "interagieren" in ganz allgemeiner Form gehalten ist, nichts, was dagegen sprechen und überhaupt einen Rechtfertigungsanlass geben würde.
PS: Damit es nicht zu sehr nach Verantwortungsabwälzen klingt, etwas konstruktiver:
Gegeben seien zwei Entitäten zweier verschiedener ontologischer Ebenen. Nun kann ich problemlos eine bestimmte Interaktion gerade so definieren, dass sie für zwei Entitäten dieser Art möglich ist. Also gibt es logisch-formell kein Problem. Und wenn ich dann noch etwas in der Alltagserfahrung finde, was ich mit der so definierten Interaktion (halbwegs) erklären kann, wie es beim Geist-Materie-Dualismus wohl anerkannt werden muss, dann ist diese Konstruktion auch praxisphilosophisch gerechtfertigt.